A zenekart Sotiris Vayenas (gitár) Spiros Antoniou (basszus, ének), és Christos Antoniou (gitár) alapította, az alapítást követő évben elkészült a Septic Flesh legelső demója, a harmincperces Forgotten Path, még az év decemberében kiadtak egy EP-t is, a Temple of The Lost Race-t. Egy rövidebb szünet után 1993-ban készült el a második demó, a Morpheus Awakes. A rákövetkező évben készült el a Mystic Places of Dawn, mely debütálólemez létére különösen jó kritikákat kapott. Szinte pihenés nélkül visszatértek a stúdióba és már a következő évben megjelent az Εσοπτρον (a görög szó jelentése belső tükör).
Rövidebb szünet után harmadik stúdiólemezük, a Phidian Wheel (1997) is felkerült a boltok polcaira majd a következő évben kiadták a The Eldest Cosmonaut című EP-t. Eezt követően sem váratták meg rajongóikat, hiszen 1998-ban kiadták negyediik (A Fallen Temple), 1999-ben ötödik (Revolution DNA) lemezüket majd az ezredfordulón egy complicationnal, a Forgotten Paths (The Early Days)-al ajándákozták meg a világot.
A 2003-mas év igencsak mozgalmasnak bizonyult számukra, hisz februárban kiadták a hatodik albumukat, a Sumerian Daemons-t, majd még az év októberében feloszlottak, látszólag véglegesen, hiszen minden tag talált magának új zenekart. A rajongók legnagyobb örömére azonban 2007-ben úja összeálltak, és stúdióba is vonultak. Az egyetlen változást a zenekar neve jelentette, ugyanis megváltoztatták Septicflesh-re. A megváltoztatott névvel első lemezük 2008-ban készült el, Communion néven.
Kiadása után hosszabb szünet következett a stúdiózás szempontjából, végül 2010-ben kiadtak egy kislemezt, a The Vampire from Nazareth-et, majd 2011-ben a nyolcadik lemezüket, a The Great Mass-t. Rá három évre jelent meg az Order of Dracul című kislemez és a Titan cimű album.